Dua tahun telah berlalu setelah invasi Tendoshuu ke Terminal Pusat O-Edo. Sejak itu, para Yorozuya telah berpisah. Meramalkan kembalinya Utsuro, Gintoki Sakata mulai mengamati garis ley Bumi untuk mencari jejak Altana milik Utsuro. Setelah bertemu dengan sisa-sisa Tendoshuu—yang terus berjuang mencari keabadian—Gintoki kembali ke Edo.
Kemudian, Shinsengumi dan Yorozuya yang telah berkumpul kembali memulai serangan ke Terminal Pusat yang telah diduduki. Dengan Altana yang dipanen dari reruntuhan kapal Tendoshuu yang terancam meledak, para Yorozuya dan sekutu mereka melawan musuh-musuh mereka sementara keselamatan Edo—dan seluruh dunia—di ujung tanduk. Memenuhi keinginan guru mereka, para mantan murid Shouyou Yoshida bersatu dan menghidupkan kembali masa lalu mereka untuk terakhir kalinya dalam upaya menyelamatkan masa depan mereka.
