Abyss—jurang menganga yang membentang ke kedalaman bumi, dipenuhi makhluk misterius dan peninggalan dari masa lampau. Bagaimana itu bisa terjadi? Apa yang ada di dasarnya? Tak terhitung banyaknya individu pemberani, yang dikenal sebagai Divers, telah berusaha memecahkan misteri Abyss ini, tanpa rasa takut turun ke wilayah tergelapnya. Para Divers terbaik dan terberani, White Whistles, dipuja sebagai legenda oleh mereka yang masih bertahan di permukaan.
Riko, putri White Whistle Lyza sang Annihilator yang hilang, bercita-cita untuk menjadi seperti ibunya dan menjelajahi ujung terjauh Abyss. Namun, sebagai Red Whistle yang masih pemula, ia hanya diizinkan untuk menjelajahi lapisan teratasnya. Meski begitu, Riko secara tak sengaja bertemu dengan robot misterius berwujud anak laki-laki biasa. Ia kemudian menamainya Reg, dan Reg tidak mengingat peristiwa sebelum penemuannya. Yakin bahwa teknologi untuk menciptakan Reg pasti berasal dari kedalaman Abyss, keduanya memutuskan untuk menjelajah ke dalam jurang tersebut untuk memulihkan ingatan Reg dan melihat dasar jurang tersebut dengan mata kepala sendiri. Namun, mereka tidak mengetahui kenyataan pahit tentang keberadaan Abyss yang sebenarnya.
