Manusia abadi misterius yang dikenal sebagai "Ajin" pertama kali muncul 17 tahun yang lalu di Afrika. Setelah ditemukan, mereka dicap sebagai ancaman bagi umat manusia, karena mereka mungkin menggunakan kekuatan mereka untuk kejahatan dan tidak dapat dihancurkan. Sejak saat itu, setiap kali seorang Ajin ditemukan di masyarakat, mereka harus segera ditangkap dan ditahan. Belajar keras untuk menjadi dokter, Kei Nagai adalah seorang siswa SMA yang hanya tahu sedikit tentang Ajin, hanya pernah melihat mereka muncul di berita sesekali. Para siswa diajari bahwa makhluk-makhluk ini tidak dianggap manusia, tetapi Kei tidak terlalu memperhatikan di kelas. Akibatnya, pemahamannya yang sangat minim tentang hal ini terbukti sama sekali tidak relevan ketika ia selamat dari kecelakaan yang seharusnya merenggut nyawanya, menandakan kelahirannya kembali sebagai seorang Ajin dan dimulainya hari-hari siksaannya. Namun, saat ia mendapati dirinya sendirian dalam pelarian dari seluruh dunia, Kei segera menyadari bahwa lebih banyak spesiesnya mungkin jauh lebih dekat daripada yang ia kira.
